Franciszek urodził się około 1182 r. w Asyżu. Jako syn bogatego kupca, Piotra Bernardone. W młodości prowadził hulaszcze życie. Słynął z głośnych zabaw urządzanych z przyjaciółmi w mieście. W 1198 r. Asyż wyzwolił się spod panowania niemieckiego, ale rozpoczęły się walki między miastami: Asyżem i Perudżią, podczas których Franciszek dostał się na rok do niewoli.

Po okresie choroby Franciszek postanawia zmienić swoje życie. W kościółku Św. Damiana Franciszek słyszy tajemniczy głos z krzyża: „Franciszku, idź, napraw mój dom, który rozpada się w gruzy”. W duszy Franciszka dokonuje się przełom, następuje całkowite nawrócenie. W obecności biskupa Asyżu Franciszek oddaje pieniądze i ubranie swemu ojcu, sprzeciwiającemu się nowemu sposobowi życia. „Słuchajcie, wy wszyscy, i rozumiejcie: … Chcę móc powiedzieć teraz: Ojcze nasz, któryś jest w niebie, a nie tylko: Mój ojcze Piotrze Bernardone”. Franciszek słyszy swoje powołanie.

Zmienia dotychczasowy strój pustelnika na ubogą tunikę, jakiej używali wieśniacy, i przepasuje się powrozem. Franciszek usługuje trędowatym w Gubbio. W latach 1209 lub 1210 Franciszek razem z jedenastoma uczniami udaje się do Rzymu otrzymuje od papieża Innocentego III zatwierdzenie Reguły Braci Mniejszych.

Pod koniec 1212 roku Franciszek udaje się na Wschód. W czasie burzy statek zostaje rozbity i wyrzucony na wzgórze dalmatyńskie. Franciszek wraz z towarzyszem przez Ankonę wraca do Włoch. W dniach 15.08 – 30.09.1224
Franciszek odbywa post 40-dniowy na górze Alvernii, gdzie około 14 września otrzymuje stygmaty. Ostatnie miesiące swego życia spędził podróżując od miasta do miasta. Pod koniec pory letniej 1226 powrócił do Asyżu. Umarł, położony na własne życzenie bez ubrań na gołej ziemi, w sobotę, 3 października 1226 roku. Następnego dnia mieszkańcy Asyżu przenieśli jego ciało do kościoła San Giorgio w środku miasta. Brat Eliasz powiadomił o śmierci Franciszka, śląc List okólny o śmierci św. Franciszka. Z miejsca pierwotnego pochówku ciało Franciszka zostało przeniesione 25 maja 1230 roku do wybudowanej specjalnie przez Eliasza Bombarone bazyliki na Colle del Paradiso w Asyżu.